儿童自闭症（孤独症）的病因学和生化异常改变极其复杂，至今尚未完全阐明，因此还没有特异性的生物医学干预措施，特别是对其核心的语言和交流障碍缺乏有效的医学治疗手段。目前多主张采用综合性治疗，以特殊教育训练为主，生物医学干预为辅。医学干预措施主要是对症治疗，合理运用可以改善孤独症儿童的攻击、兴奋、多动、刻板和自伤行为等相关症状。
一丶药物治疗：
近年来试用于自闭症（孤独症）治疗的药物主要有以下三类: ①影响孤独症的神经生化物质的药物。②常与孤独症关联的行为紊乱的治疗药物。③其他药物。
常用药物参见表
种类 | 药名 | 效果 | 副作用 |
作用于多巴胺系统 | 氟派啶醇（haloperidol） | 攻击行为与自伤行为减轻，学习能力提高 | 过度镇静、易激惹、肌张力障碍、运动障碍 |
作用于5-HT系统 | 维斯通（rispenridong） | 对发脾气、攻击和自伤行为有效且耐受性好。年幼患者使用较安全 | 体重增加和疲劳、嗜睡、头昏和流口水 |
奥 氮 平 （olanzapine） | 改善激惹、多动和过多言语 | 体重增加、食欲增加、乏力 | |
氯丙咪嗪（clomipramine） | 减轻患者的重复刻板思维和行为，增加目光接触和语言的反应 | 心动过速、Q-T间期延长，偶见癫痫、运动性障碍 | |
丁螺环酮（buspirone） | 对孤独症的情绪障碍和睡眠混乱有效 | 副作用轻微 | |
氟 西 汀 （fluoxetine） | 减少重复刻板动作，改善固定日常行为模式 | 可能导致多动、兴奋和攻击行为 | |
阿片受体拮抗剂 | 氟伏沙明（fluvoxamine） | 减少重复行为、适应不良行为以及攻击行为，增加语言交流 | 失眠、多动、激惹、攻击、焦虑等。 |
纳曲酮（fluvoxamine） | 减少多动行为，增加眼对视及社交行为 | ||
中枢兴奋药 | 利 他 林 （ritalin） | 对孤独症注意缺陷多动障碍效果较好 | 可加重刻板、自伤、退缩行为和过度激惹 |
α2一肾上腺素能拮抗剂 | 可 乐 定 （clonidine） | 多动、兴奋、刻板行为、不恰当的言语和对立行为有改善，多动、失眠和抽动症状有效 | 镇静、口干、心率增快、血压下降等 |
抗惊厥药 | 盐酸胍法辛（guanfacine） 酰胺咪嗪(carbamazepine) | 减少惊厥发生率以及可能改善攻击行为 |
二丶饮食干预：
1. 限制含酪蛋白(主要来源于牛奶或奶制品)和谷蛋白(主要来源于谷类食品的麸质))食物的摄入。
2. 避免过量食用“酸性食物”。“酸性食物”指富含磷、硫、氯等成分的食物，如高脂肪、高糖分和动物性食物。过量食用此类物，会使其中的磷、硫、氯等在人体内形成过多的酸性物质，易使血液等体液酸性化，呈现“酸性体质”，导致体内各种代谢功能失调，故应增加含钾、钠、钙、镁、锌等碱性矿物质食物的摄入。
3. 尽可能减少饮食中汞(通常由于食物链的作用及水污染，鱼肉中含汞较高)的摄人。
4. 其他。包括减少饮食中铁的过量摄入以及增加富含维生素饮食，多吃绿色蔬菜和水果等。
三、其他治疗
有人尝试螯合疗法(排除金属汞)治疗血、尿中汞浓度过高的患儿。螯合疗法一般要进行2年，因其有肝损害和过敏反应等副作用，开展并不普遍。
针灸治疗也有许多人尝试过，但目前缺乏有系统、有对照组、大样本的研究报告，还很难评估该疗法的具体疗效。
综上所述，生物医学干预对部分孤独症病例的症伏及并发症可能有所改善。但大部份情况下，这种干预只是辅助及临时性质的，有时可能对孤独症患者提高学习效率，增加互动，改善情绪等有其必要性，但对孤独症的核心障碍无根本性的改变。