除了与孤独症同属PPD的疾病外，弱智、听力障碍、语言发育障碍、精神分瓣、注意力缺陷多动综合症等都有部分特征与孤独症类似，但与孤独症又有着根本的区别，在诊断时应注意鉴别。
(一)弱智
弱智儿童的智商显著低于同龄人的平均智商，其感知、社交能力，兴趣及语言等方面发展与智商成正比例。而大多数孤独症儿童都表现出认知发展的失衡(如操作智商好于言语智商、记忆能力远优于理解能力和想象能力等)，且顺序异常。在人际关系上，弱智儿童更喜欢与他人打交道。相比孤独症儿童，他们与他人有更多的共同注意，在交往中表现出更多的正面情绪。从行为兴趣来看，弱智儿童的兴趣比孤独症儿童要广泛得多，而且他们会花更多的时间在功能性游戏和象征性游戏上。就语言能力而言，弱智儿童的语言接受能力往往比孤独症儿童要好。有人对二者的区别作了形象的描绘:“弱智儿童愿意学，却学不会;孤独症儿童能学，却不愿意学。”
(二)听觉障碍
听障儿童是由于听觉系统损伤而产生语言沟通障碍的。虽然他们可能对外界声音没有反应，但有交往的欲望，能主动观察、了解外界，能用身体语言等工具努力进行交往。孤独症儿童一般无听力损失，发音器官功能正常，但大脑中枢系统障碍使之失去对外界声音正常反应的能力，常表现为有时对外界声音很敏感，有时又充耳不闻。同时不会运用手势、眼神、表情等非语言交流工具与外界进行正常文流。
(三)语言发育障碍
语言发育障碍儿童在感知反应上无异常，与入和物的相处方式正常。能努力地用手势等表达抽象的内容，有兴趣参与想像性的游戏或活动。孤独症儿童表现出严重的沟通障碍，与外界不适应，不介人，更无法参与集体、想像性的游戏和活动，对活动的规则完全忽视和不理解，对活动的结果不在乎，无兴趣，游离于群体之外。
(四)儿童精神分裂症
儿童精神分裂症出现率男女相当，一般开始发病时期较迟，在幼儿时期发育常是正常的，发病后表现出感知觉异常(幻听、幻视)和思维混乱(妄想与幻觉))，以思维联想障碍、情感障碍为主要特征，并与相应年龄行为的活动表现有明显异常和不协调。一般无智力障碍，心理社会因素对于本病病程的延续及预后有重要影响。孤独症发病在36个月以内，男孩明显多于女孩，很少出现幻听、妄想症状。部分病例伴智力低下，心理社会因素对孤独症的病程影响不大。
(五)注意缺陷多动综合征
孤独症儿童也常有注意力不集中、活动多、动作刻板古怪等表现症状，有时被误认为是多动症。但通过以下几点比较，应不难鉴别。首先，孤独症的发病率远远低于多动症，且症状显现较早;其次，孤独症儿童从小与父母无亲近表现，缺乏情感交往，喜欢独处，喜欢独处，不合群，对非生物的东西(玩具、书本等)有特殊依恋;语言呆板、不清甚至不会说话，动作刻板离奇，对大部分的刺激反应微弱或没有反应，常常不会跟随教导者的指示去注意该注意的事情，让人觉得听而不闻、视而不见，若能注意时，注意的时间也极短暂。与此形成鲜明对照的是，他们却常常对某些自己有兴趣的事物十分的专注，称为过度选择性的注意力。这些特征和多动症有较大区别。第三，部分孤独症患儿伴智力明显低下，在某些方面(如记数、唱歌、绘画等)可能有特殊技能，而多动症儿童智力基本正常。